李乾坤はメカ娘の世界へと転生したが、F級の戦闘適性しか持たないことからメカ娘に裏切られ、両親の遺した遺産までも親族に奪われようとしていた。 そんな時、思いがけず「神級改造システム」が起動する。 どんなメカ娘でもSSS級、さらにはそれ以上の戦力へと改造できる能力だった。 李乾坤は瀕死状態だったE級の廃鉄メカ娘・夏燼を救い出し、彼女をSSS級の戦力へと改造する。 そしてメカ娘グランプリに出場し、奪われかけていた遺産を取り戻そうとする。 しかしその過程で、世界の裏で暗躍する機械神教の陰謀に気づく。 李乾坤は夏燼や星瀾たちと手を組み、神教が上層部へ浸透しているという真実を暴き、その邪悪な計画を阻止しようとする。 神級改造システムの力によって、李乾坤は次々とメカ娘を改造し、メカ娘軍団を築き上げていく。 そして最後には砂漠での決戦で機械神教の本部を殲滅し、世界を救うことになる。