한 소년은 원소 각성 의식에서 파괴적인 마이너스 S급으로 판정되면서 전 세계의 추격 대상이 된다. 그러나 그는 모든 것의 논리를 해체할 수 있는 능력을 갖추고 있음을 깨닫고 세계의 진실을 밝혀내기 시작한다. 이른바 각성 능력은 사실 고차원 문명이 설정한 '목장 계획'이었고 인류는 그저 수확당하는 열매에 불과하다는 걸 알게 된 후 소년은 4대 기지를 파괴하고 억압받던 각성자들을 집결하여 성전을 돌파하고 외신과 맞선다. 배신과 희생, 자기 의심을 겪은 끝에 그는 세계의 근원에 도달하고 신명이라 불리는 존재들은 관리자 시스템에 불과하고 자신 역시 시스템 복구를 위해 태어난 '면역 세포'임을 알게 된다. 결국 그는 새로운 신이 되기를 거부하고 자신을 희생하는 대가로 모든 통제 권한을 지워버려 세계를 인류에게 다시 돌려준다.